Makmal Mikrobiologi Makanan ini merupakan makmal yang terletak dibawah sub Kluster Teknologi Makanan, Biodiversiti dan Pemuliharaan. Makmal ini mampu memuatkan seramai 35 orang pelajar pada satu masa. Makmal ini memberi pelajar pengalaman bekerja dan menganalisis mikroorganisma (isolation, determination,enumeration etc.) terutamanya mikroorganisma didalam makanan dan minuman dengan menggunakan pelbagai kaedah kultur seperti pour, spread, streak plate etc. Makmal ini juga terdapat bilik Biokeselamatan Level 2. Antara kursus yang dijalankan di makmal ini adalah Food Microbiology, Cell and Molecular Biology, General Biology dan Microbial Diversity. Selain set ujikaji untuk kultur mikrobiologi,makmal ini juga dilengkapi dengan Fume Hood ,alat siaraya, projektor, skrin projektor dan papan putih sebagai alat bantuan mengajar.